Der wichtigste Unterschied zwischen einer Allergie und einer Unverträglichkeit ist, das es sich bei einer Intoleranz um eine Störung bei der Aufnahme und Verwertung von Nahrungsmitteln oder auch Nahrungsmittelbestandteilen handelt. Hier geht es in erster Linie um den Stoffwechsel.
Im Gegensatz dazu, ist bei einer Allergie immer das Immunsystem direkt davon betroffen. Es ist eine immunologische Antwort auf einen Reiz.